A Unidade de Geoquímica possui diversos equipamentos para a preparação de amostras de sedimento, água, rocha e biota, para posterior análise na Unidade de Técnicas Espectrométricas. Dentre os equipamentos destacam-se Microondas, bloco digestor, placa aquecedora, digestor e destilador de nitrogênio Kjeldhal, Cromatógrafo de Íons com detector UV-vis, Analisador de Partículas por difração à laser e Espectrômetro de absorção molecular no UV-vis. Realiza-se o preparo de amostras e determinação de clorofila e feopigmentos e carbono orgânico em material particulado da água; e fósforo assimilável e total em amostras de água, sedimento e solo.
Além do preparo de amostra também são realizados ensaios de pH, condutividade turbidez, sólidos totais dissolvidos, cloreto, alcalinidade, carbonato, clorofila, nitrito, nitrato e amônia por destilação Kjeldahl, determinação de íons (sulfato, nitrato, nitrito, amônia, fluoreto, cloreto, brometo, fosfato) por cromatografia iônica em amostras de água e análise granulométrica de amostras de solo e sedimento.